在生物质锅炉的使用期间，每班至少有一次排污。一台锅炉上同时有几根排污管时，必须对所有的排污管轮流进行排污。如果只排某一部分，而另一边忽视，锅水的品质就会有所降低，或是会堵塞了另一部分的排水管，甚至引起水循环破坏和爆管事故。

当多台锅炉同时使用一根排污总管，而每台锅炉排污管上又无止回阀时，禁止同时排污，防止排污水倒流入相邻的锅炉内;在每根排污管路上，一般串联安装有两只排污阀。

一台锅炉如果在同一个放水地点装有两个排污阀的，在排污的时候，先开从锅炉数起的第二个排污阀，然后 再开第一个), 先微开一点，待管路预热后再慢慢开大;排污完毕后，首先把靠近锅炉的排污阀慢慢关闭，然后关闭第二个排污阀; 排污速度应较快，以利于水渣或流淀物的排除。

一般先开慢荒的，后开快开的。关闭时，先关快开的，后关慢开的，这样可使排污时间短而排污较为有效; 定期排污的间隔时间，应根据锅水水质来决定。水渣较多时，间隔时间应短些 ; 水质较好时，间隔时间可长些，一般排污每班至少一次;排污要在锅炉压火后，或者负荷低时进行。此时锅炉水循环比较缓慢，渣垢容易积聚，排污效果好，又不影响锅炉出力。

从生物质燃料的燃烧设备考虑，目前，已经成熟的商品化燃烧器对于木质生物质燃料的燃烧适用性比较强，而对于秸秆类生物质燃料燃烧能力较差，极易结焦结渣，难以最大限度的发挥燃料的热效率，此外，即使加装后处理装置，产生NOx的含量也难以达到国家标准，成为目前的一大技术难关. 因此，如何对燃烧过程的温度变化进行精准控制，实现对燃烧过程生成NOx的实时测量以及对生物质燃烧器NOx排放过程的有效控制，将成为今后的发展方向之一.